También es conocido que en la orilla y cerca de las rompientes viven una población importante de pingüinos de Humboldt, además hay algunas nutrias marinas zambullidas entre las peñas y los zargasos. Pero lo que más llama la atención, es la presencia del cóndor andino y el guanaco, que bajan de las alturas de Ayacucho en busca de alimentos y pastos de las lomas cercanas, también se puede advertir la presencia del zorro del desierto. Único fenómeno que se da en la costa peruana.
La gran ensenada de San Fernando es una zona rica en afloramiento de fitoplancton y zooplancton que constituyen la base de la cadena alimenticia de la variedad de crustáceos y peces que habitan en sus aguas y que permiten a su vez la presencia en diversas épocas del año de una diversidad de mamíferos marinos como; delfines, cachalotes, ballenas, y chanchos marinos entre otros. A la rica fauna que existe se suma una vasta flora compuesta hasta por ocho conjuntos de algas que permiten la presencia de importantes bancos de corvina, chita, lenguado, cojinova, sardina, anchoveta y pejerrey, además de diversos moluscos.
Según estudios científicos realizados en San Fernando, en la ensenada habitan 353 especies (entre mamíferos, aves, reptiles, peces y crustáceos) tanto en biodiversidad marina y terrestre, muchas de ellas en situación vulnerables o en proceso de extinción. Sin duda alguna San Fernando es el único refugio costero en el país casi intacto o virgen, donde albergan las especies en peligro de extinción, es cuestión de tiempo y voluntad de las autoridades municipales de Marcona y Nazca, el gobierno regional de Ica y el Estado peruano (a través del Inrena) para que San Fernando reciba el mismo tratamiento conservacionista que se le otorga a la Reserva Nacional de Paracas.
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